Боюсь, мне не найти конкретного правила, которое бы точно предписывало, как поступать в подобном случае, но мне кажется все приведенные варианты допустимы, причем глагол penser согласуется с подлежащим moi (je).
С'est moi mais pas vous qui y pense
С'est moi qui y pense mais pas vous
С'est moi qui y pense mais ce n'est pas vous
Мне нравятся первые два варианта, но без mais: С'est moi (pas vous) qui y pense, С'est moi qui y pense, pas vous).
PS
думать о - penser à
à cela = y
С'est moi qui pense de cela mais pas vous - но это можно перевести как: Я думаю об этом а не о вас
Двусмысленности не возникает, т.к. 1. благодаря mise en relief совершенно ясно, что противопоставляются moi и vous, а не cela и vous 2. "Я думаю об этом, а не о вас" - необходимо повтроить предлог à перед вторым дополнением, а он в данном случае не повторяется.
Не все элементы предложения должны быть согласованы друг с другом, нередко мы что-то уточняем, добавляем, на письме в этом случае используются скобки или тире, в устной речи - соответствующая интонация.